Sekolah Kedokteran Muhammadiyah memiliki misi yang jelas, yaitu berkontribusi sebagai perguruan kedokteran terbaik di Bangsa ini. Untuk mencapai tujuan tersebut, berbagai inisiatif gigih dijalankan, termasuk peningkatan kualitas pengajaran, penelitian terdepan, dan dedikasi kepada warga luas. Di samping itu, Sekolah juga mengutamakan pengembangan